农产品加工企业需要缴纳的税种主要有：1，增值税，税率17%。如果加工后的产品仍然属于初级农产品，税率11%。如果是小规模纳税人，征收率3%。2，附加税费，是以实际缴纳的增值税额和消费税额为计税依据征收的，包括：（1）城市建设维护税，不同地域的税率为：城市，7%；县城镇，5%；乡村1%。
计税金额不是销售收入，而是应纳税所得额，就是应该计算所得税的基数。
牲畜、家禽的饲养：企业可以享受减半征收企业所得税的优惠。 林产品的采集：企业可以享受减半征收企业所得税的优惠。 灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目：企业可以享受减半征收企业所得税的优惠。
．灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；8．远洋捕捞。企业从事下列项目的所得，减半征收企业所得税：1．花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；（包括“观赏性作物的种植”）2．海水养殖、内陆养殖。（《国民经济行业分类》内陆养殖属于渔业。
1、法律分析：我国增值税对购进农产品的扣除税率为11%，一般纳税人购进免税农产品，可以按照11%扣除率计算抵扣进项税额，但是如果一般纳税人购进免税农产品，加工后的产品适用税率是17%的，按照13%计算抵扣进项税额。
2、农产品税率为13%。根据我国最新的税法规定，农产品的增值税税率为13%。这意味着，当企业或个人销售或进口农产品时，应按照13%的税率缴纳增值税。例如，大米作为一种常见的农产品，其适用的税率也是13%。这一税率适用于销售或者进口的部分农产品，包括粮食、食用植物油等。
3、我国增值税对购进农产品的扣除税率主要为11%。一般纳税人若购进免税农产品，可按此税率计算抵扣进项税额。然而，若一般纳税人购进免税农产品后，加工的产品适用税率提升至17%，则应按照13%计算抵扣进项税额。
4、增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有11%、13%和17%三种，小规模纳税人按3%的征收率征收增值税。从2017年7月1日以前，农产品的增值税税率为13%； 从2017年7月1日起，农产品的增值税税率调整为11%。
5、对于卖购入的农产品的税率一般是11%；如果出售时仍然是农产品初级产品，适用税率依然为11%；如果经过深加工再出售，适用17%的税率.（五一后改为16%）。
按《增值税暂行条例》规定，农业机械适用低税率，农产品加工专用设备中属于农业机械的适用税率为9%，其他适用一般税率即13%。比如农业用的拖拉机、打谷机等适用9%。加工厂里用农产品加工专用设备税率就是13%。
农产品初加工和深加工的税率是多少， 农产品初加工增值税税率9%，深加工的增值税税率13%。
增值税，税率17%。如果加工后的产品仍然属于初级农产品，税率11%。如果是小规模纳税人，征收率3%。2，附加税费，是以实际缴纳的增值税额和消费税额为计税依据征收的，包括：（1）城市建设维护税，不同地域的税率为：城市，7%；县城镇，5%；乡村1%。
农产品加计扣除1%的计算：纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即对农产品深加工给予1%的加计扣除。可以抵扣的进项税额=原材料成本×1%。
以农产品委托加工支付加工费增值税税率是17%。农产品是农业中生产的物品，如高粱、稻子、花生、玉米、小麦等。国家规定初级农产品是指农业活动中获得的植物、动物、微生物及其产品，不包括经过加工的各类产品。没有过加工的农产品增值税税率为13%。